ImmuneEditome: Functional annotation of enriched editing regions with cancer immunity

GSVA_HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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GSVA_HALLMARK_MITOTIC_SPINDLE

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THYM

EAG

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THYM

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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EAG

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GSVA_HALLMARK_EPITHELIAL_MESENCHYMAL_TRANSITION

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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THYM

EAG

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EAG

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THYN1

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THYM

EAG

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EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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PTK7

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THYM

EAG

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THYM

EAG

MEX

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EAG

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PARD3

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THYM

EAG

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EAG

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THYM

EAG

MEX

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

MEX

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chr5

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0.3619

2.9385e-02

1.2572e-05

0.4255

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000008128.18

chr1

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CDK11A

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THYM

EAG

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chr14

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GSVA_HALLMARK_DNA_REPAIR

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THYM

EAG

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chr11

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-0.4732

CTNND1

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000105472.8

chr19

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CLEC11A

GSVA_HALLMARK_HYPOXIA

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THYM

EAG

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chr1

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THYM

EAG

MEX

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IRF3

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

MEX

ENSG00000173264.9

chr11

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THYM

EAG

ENSG00000172977.8

chr11

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KAT5

GSVA_HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000115317.7

chr2

74529724:74529912:74530460:74530512

0.3818

1.8533e-02

2.0818e-05

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HTRA2

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000106624.4

chr7

44110724:44111035:44111153:44111239

0.3736

4.8352e-03

1.3722e-05

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AEBP1

GSVA_HALLMARK_MYOGENESIS

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000237765.2

chr4

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-0.3897

1.5489e-02

8.3850e-06

-0.4312

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000135597.14

chr6

138921063:138921124:138926400:138926481:138929976:138929997

-0.4341

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000151067.16

chr12

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T_cells_CD4_memory_activated

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr21

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GSVA_HALLMARK_P53_PATHWAY

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

MEX

ENSG00000113648.12

chr5

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1.2713e-02

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0.4548

GSVA_HALLMARK_OXIDATIVE_PHOSPHORYLATION

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000136682.10

chr2

113437878:113438022:113439019:113439117:113441350:113441437

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NK_cells_activated

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000163660.7

chr3

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000239665.4

chr10

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0.3778

1.4951e-02

3.3368e-06

0.4609

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000106733.16

chr9

75077489:75077580:75078325:75078582:75083086:75083150

0.3404

3.3796e-02

2.0054e-05

0.4245

ADAR;BCCIP;BUD13;CSTF2T;DDX3X;DGCR8;EIF4A3;ELAVL1;FBL;FUS;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPU;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;LIN28;MOV10;MSI2;NOP56;NOP58;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;SAFB2;SLBP;SRSF1;SRSF3;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIAL1;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;YTHDC1;YTHDF1

GSVA_HALLMARK_WNT_BETA_CATENIN_SIGNALING

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000140545.10

chr15

88909791:88909923:88913246:88913259:88912427:88913259

0.2798

4.0171e-02

9.5797e-05

0.4222

ACIN1;ADAR;AIFM1;AUH;BUD13;CELF2;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G1;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RNF219;SAFB2;SBDS;SF3A3;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YWHAG;ZNF184

MFGE8

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

MEX

ENSG00000187109.9

chr12

76053090:76053110:76053832:76053909:76056078:76056158:76059797:76059878

-0.3986

1.0879e-02

4.2918e-07

-0.4823

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000125351.6

chrX

119838366:119838527:119840645:119840684:119841075:119841256

0.3932

7.5190e-03

1.8573e-05

0.4303

ACIN1;ADAR;AIFM1;ALYREF;AUH;BCCIP;BUD13;CELF2;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FKBP4;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHSRP;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RBM47;RNF219;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF10;SRSF3;SRSF7;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YWHAG;ZNF184

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000213654.5

chr6

32191708:32191870:32192147:32192162

-0.4506

2.6674e-03

1.7104e-05

-0.4175

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GPSM3

GSVA_HALLMARK_P53_PATHWAY

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000203667.5

chr1

244835658:244835756:244841943:244842058:244842194:244842258

0.3392

4.7971e-02

4.0522e-05

0.4002

ACIN1;ADAR;AIFM1;AUH;BCCIP;BUD13;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM27;RBM47;RNF219;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;XRN2;YTHDC1;YWHAG;ZNF184

T_cells_follicular_helper

GSVA_HALLMARK_TGF_BETA_SIGNALING

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000159761.10

chr16

67666815:67667525:67667877:67668098

-0.3897

2.2448e-03

1.1484e-06

-0.5216

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Macrophages_M2

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000127564.12

chr16

2972790:2973064:2973137:2973215

0.4453

2.8346e-03

2.6144e-06

0.4522

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000196776.10

chr3

108047080:108047292:108050577:108050592:108049618:108050592

0.3868

1.9930e-02

5.7951e-07

0.4775

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CD47

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000160948.9

chr8

144428488:144428543:144426908:144427271:144426908:144426955

0.2806

2.0707e-02

9.7886e-05

0.4217

ACIN1;AIFM1;AUH;BCCIP;BUD13;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FKBP4;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MBNL1;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RNF219;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF10;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YTHDC1;YTHDF1;YWHAG;ZNF184

T_cells_CD4_naive

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

MEX

ENSG00000126456.11

chr19

49663420:49663514:49664442:49664673:49664673:49664846:49665483:49665613

0.3572

2.2965e-02

1.2635e-05

0.4234

IRF3

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000205531.8

chr11

2951258:2951295:2944436:2945646:2944436:2949264

0.3838

1.9937e-02

1.8050e-05

0.4165

ACIN1;ADAR;AIFM1;ALYREF;AUH;BCCIP;BUD13;CELF2;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G1;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FKBP4;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RBM47;RNF219;SAFB2;SBDS;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF10;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YTHDC1;YTHDF1;YWHAG;ZNF184

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000141556.16

chr17

82909284:82909307:82907760:82907821:82907760:82908437

0.4006

5.2997e-03

3.4274e-06

0.4516

ACIN1;ADAR;ALYREF;AUH;BCCIP;BUD13;CELF2;CSTF2T;DDX3X;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MBNL1;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;SAFB2;SBDS;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF10;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YTHDC1;YWHAG;ZNF184

T_cells_follicular_helper

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000168264.6

chr1

234604268:234607852:234608033:234608094

-0.3389

1.6717e-02

1.8172e-04

-0.4115

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IRF2BP2

Plasma_cells

GSVA_HALLMARK_GLYCOLYSIS

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000092931.7

chr17

76737700:76737883:76738281:76738448

-0.3807

3.0140e-03

7.7686e-07

-0.5227

ACIN1;ADAR;AIFM1;ALYREF;AUH;BCCIP;BUD13;CELF2;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FKBP4;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GNL3;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RBM47;RNF219;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;VIM;XRN2;YTHDF1;ZNF184

GSVA_HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000090989.13

chr4

55883822:55883928:55888887:55888932:55890222:55890386

0.3202

3.3858e-02

5.9349e-06

0.4934

ACIN1;ADAR;ALYREF;AUH;BUD13;CELF2;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;DHX9;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHDRBS1;KHSRP;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;MSI2;NOP56;NOP58;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM22;RBM27;RBM47;RNF219;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF10;SRSF3;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TIAL1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;XRN2;YTHDC1;YTHDF1;YWHAG;ZNF184

EXOC1

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000149809.10

chr11

65111901:65112865:65113219:65113374

-0.3867

1.2299e-02

5.1183e-05

-0.4071

ACIN1;AIFM1;AUH;BCCIP;BUD13;CPSF6;CSTF2T;DDX3X;DDX42;DGCR8;EIF4A3;EIF4G2;ELAVL1;FAM120A;FBL;FKBP4;FMR1;FTO;FUS;FXR1;FXR2;GTF2F1;HNRNPA1;HNRNPA2B1;HNRNPC;HNRNPK;HNRNPM;HNRNPU;HNRNPUL1;IGF2BP1;IGF2BP2;IGF2BP3;ILF3;KHSRP;LARP7;LIN28;LIN28B;LSM11;MOV10;NONO;NOP56;NOP58;NPM1;NUMA1;PCBP2;PRPF8;PTBP1;RANGAP1;RBFOX2;RBM27;SAFB2;SF3A3;SF3B4;SLBP;SLTM;SMNDC1;SND1;SRSF1;SRSF7;SRSF9;TAF15;TARDBP;TIA1;TNRC6A;TRA2A;TROVE2;U2AF1;U2AF2;UPF1;XRN2;YWHAG;ZNF184

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000118900.10

chr16

4877022:4877111:4877384:4877474:4880082:4880294

0.3204

2.4590e-02

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0.4473

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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EAG

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THYM

EAG

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TBRG1

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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ARHGAP17

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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chr17

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GSVA_HALLMARK_SPERMATOGENESIS

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr11

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THYM

EAG

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chr16

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THYM

EAG

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chr15

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THYM

EAG

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GSVA_HALLMARK_CHOLESTEROL_HOMEOSTASIS

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THYM

EAG

MEX

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THYM

EAG

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chr22

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RPL3

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000135341.13

chr6

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MAP3K7

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THYM

EAG

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chr3

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CMTM8

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

MEX

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WARS

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THAP3

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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chr13

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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CKLF

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THYM

EAG

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SLC44A1

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THYM

EAG

ENSG00000198561.8

chr11

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CTNND1

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000071626.12

chr19

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THYM

EAG

ENSG00000197586.8

chr20

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THYM

EAG

ENSG00000073921.13

chr11

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0.4202

1.7677e-03

1.1664e-06

0.4939

PICALM

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THYM

EAG

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chr11

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0.4007

3.0847e-03

1.1868e-06

0.5181

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr6

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0.3200

4.8650e-02

2.0273e-06

0.4944

MAP3K7

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr11

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-0.4325

1.0759e-03

6.3218e-07

-0.5044

PICALM

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr14

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T_cells_CD4_naive

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THYM

EAG

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PTK2B

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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SRR

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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NK_cells_activated

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THYM

EAG

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000089597.12

chr11

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr2

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ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

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chr5

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NKD2

GSVA_HALLMARK_P53_PATHWAY

ENSG00000223501.7,VPS52

THYM

EAG

ENSG00000133243.4

chr19

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Macrophages_M0

GSVA_HALLMARK_HEME_METABOLISM

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THYM

EAG

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chr19

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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chr11

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THYM

EAG

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THYM

EAG

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SMAGP